1、 育苗溫室
育苗溫室一般為大型連棟溫室，溫室育出幼苗主要用于基地內部溫室栽培。目前工廠化育苗溫室雖然有了很大的進步，但在育苗規程和技術上仍然不科學，培育出的蔬菜秧苗多為弱苗，抗性、適應性較差。溫室栽培育苗中存在的問題主要表現在3個方面：
一、是營養土或基質中摻加化學肥料多，基質土壤溶液濃度高，種子播種后容易發生燒種、燒苗，出苗慢，出土時間參差不齊，苗相整齊度差，缺苗現象嚴重。
二、是苗床澆水仍然采用在基質表面噴水或漫水灌溉，不但用水量多，引起肥料流失，浪費肥水，而且還會積壓排除土壤中的空氣，造成土壤板結、缺氧，影響根系發育、降低根系活性和吸收合成能力、傳染病害如猝倒病、立枯病、瓜類枯萎病等。
三、是單株秧苗營養面積小，苗齡時間長，培育的秧苗多為高腿、細莖的弱苗。
下面是針對不同品種的問題分析：
辣椒育苗 育苗過程中，部分種苗表現為細弱苗或低矮苗。主要原因是：苗床期間煉苗工作沒跟上造成細弱苗;苗棚溫度低，出苗后生長緩慢或苗齡不夠造成低矮苗，葉間距短縮只有2-3cm。種苗質量低，無法保證定植后正常生長實現高產。
瓜類育苗 早春要育成植株高度適當、葉色正常或濃綠、莖部粗壯、節間短、根系發達、無病蟲害、對外界適應性強的優良壯苗，給瓜類蔬菜早熟生產提供條件。
瓜類育苗出現“僵苗”現象，傳統上是這樣進行判斷的：1、子葉長時間不能展平;葉片小而向內卷曲，顏色深且暗淡無光;下胚軸及莖基部節間短;根系不發達且有銹色;生長遲緩。由于苗床溫度低而引起。應提高溫度。2、葉片黃而小，生長緩慢。如床溫正常，則是由于缺肥引起。3、葉片小，色暗綠，生長慢。若床溫正常，則是缺水引起。4、子葉小而厚，顏色暗而綠，下胚軸短而粗，胚栓處呈蒜頭狀，這是受肥害或藥害的表現。可適當多澆水，稀釋肥藥。5、子葉上翹，葉片小，色黃，有的邊沿干枯，重者整葉枯死。這是高溫烤苗的表現。
總之，根據作物育苗階段的對生長環境的需求，調節苗床內溫、濕、光、氣、水等環境因子，防止濕度過高，通風不良和幼苗徒長，生長瘦弱，創造適合幼苗生長而不利于病害發病的條件，培育出長勢一致的幼苗，實現種苗標準化生產。
蔬菜種苗良種化、育苗工廠化、供苗商品化、種苗標準化是當今世界育苗的發展方向。
2 、溫室種植管理問題
2.1 瓜類
溫室甜瓜栽培中,光照越少,果實就越小;果實的形狀從橢圓形變成球形或扁圓形,網紋變粗,網紋的數量也減少,果實的商品性顯著降低。試驗研究表明,從甜瓜定植到采收,當日光照射總量降到400 MJ/m2以下時,單果重和葉片的干物質重量均減少,果實的外觀變差為了生產高品質的甜瓜,下限日照總量(從定植到采收)需要在350 MJ/m2以上。南北走向的連棟溫室,由于冬季光照不足,難以進行高品質甜瓜的生產，需要適時的進行補光。
2.2 茄果類
番茄裂果在設施溫室中十分常見,屬于生理性病害其發生后不但直接影響產品的外觀和價格,而且裂紋部分可能感染早疫病、晚疫病,或被細菌侵染而腐爛,失去商品價值。
裂果發生條件：從幼苗花芽分化開始,如果連續1周出現夜間氣溫在8℃以下,白天氣溫20℃以下, 果就會出現畸形;環境條件不適，主要是高溫、強光照射、干旱、外界天氣的劇烈變化,特別是久旱后突然灌水過多,使果實內果肉迅速膨大,糖分濃度增高,因而滲透壓增高,迅速脹大的果肉與老化的果皮膨脹不相適應,而使撐破果皮形成裂果。
傳統上，一般以新葉、老葉顏色的變化來判斷是否應該澆水：如心葉為淺色,老葉深色,說明水分合適;如心葉、外葉都淺綠,表示水分過大,易徒長;當心葉、老葉都呈深綠色或心葉變黑時,表明已缺水,應馬上澆水,以保持心葉色淺,老葉色深的狀況
辣椒生產中，農戶仍采用傳統的大水漫灌方式，致使土壤水分大通透能力差，根系活力減弱，更容易造成室內空氣濕度大，易誘發根系和各種病害發生。
2.3桃
溫室桃樹通過休眠后，一般要經過40天升溫的時間，才能有效地使其開花結果。濕度大，棚溫過高，桃樹出現倒序現象。葉與花競爭營養，不利于座果。
溫室桃樹花期，如果溫室內濕度高、溫差大、光照強度小，容易發生和蔓延灰霉病，落花落果現象嚴重。桃樹花期溫室建議環境為空氣相對濕度50%～60%，土壤相對濕度60%～70%。因此，建議采用滴灌或穴灌，防止大水漫灌。
另外，溫室桃的果實相對于露地生產，品質相對低下，主要表現為含糖量降低,維生素C含量和單果重降低,風味淡等。其主要原因是:溫室光合有效輻射降低50%左右,光合作用減弱;溫室CO2濃度中午前后較低;溫室果樹的營養生長過旺,造成營養生長和果實生長強烈的養分競爭;養分失衡。
2.4 甘藍類
冬春溫度低，栽培甘藍容易先期抽苔，因此要嚴格控制溫度、苗齡。甘藍幼苗定植以后，溫度低，一般不用追肥澆水，翌年春季，氣溫回升以后，開始追肥澆水，一般小水，不可大水漫灌，大水漫灌就容易出現水分過多的情況，并降低了土壤溫度，防止冬暖春寒，大苗易春化抽苔。
